עין גדי שגשגה בעת העתיקה אך סבלה קשות גם מאירועים צבאיים שהמיטו עליה חורבן פעם אחרי פעם. הנתונים הטבעיים המיוחדים של נווה עין גדי על מעיינותיו השופעים ואדמותיו הפוריות גרמו לכך ששמו נודע לתהילה בכל רחבי העולם בזכות הגידולים המשגשגים של דקלי התמרים ומטעי האפרסמון. למשך תקופות ארוכות שטחי המטעים של הנווה או לפחות חלקם היו אדמות כתר אך חלקם היה בבעלות פרטית של בני הנווה ששמרו בקנאות על "רזא דקרתא" גם עמוק לתוך התקופה הביזנטית. הנווה שהשתרע בין נחל ערוגות בדרום ובין נחל דוד בצפון ובין קו המעיינות במערב וחוף ים המלח במזרח כלל את האזור המיושב בעיקר במישור המזרחי ואת מטעי התמרים הסמוכים וכן את המדרונות המדורגים הסמוכים לקו המעיינות (כגון עין שולמית ועין גדי אך נביעות נוספות שיבשות כיום) שהוקדשו לחקלאות השלחין המשגשגת כפי שניכרת באמות, תעלות, בריכות וטרסות שחותמן ניכר בשטח עד היום. לפי המקורות הספרותיים, תושבי הנווה ספגו פגיעה בידי הסיקריים ממצדה בפסח של שנת 68 לספירה (אם כי בזמנו, חנן אשל הטיל ספק במהימנות של הידיעה הזו) ובהמשך בידי הצבא הרומי כולל תיאור קרבות על גורלם של מטעי האפרסמון שלפי פליניוס, הצבא הרומי נאבק כדי שהם לא ייפגעו בידי המורדים שחששו שהוא ייפול בידי הרומאים. במחקר גם הוצע שהמצור על מצדה בשנת 73/4 לא נועד רק לחסל את אחרוני המורדים אלא גם להבטיח את מטעי האפרסמון והדקלים היוקרתיים מפני פגיעה אפשרית של קבוצת המורדים שהתרכזה במצדה כעשרה קילומטר בלבד דרומית מנאות עין גדי. על אף שפליניוס תיאר את חורבנה המוחלט של עין גדי בעקבות הקרבות שנערכו במקום בימי מרד החורבן, התעודות והמסמכים במדבר יהודה לימדו שהנווה התאושש במהירות יחסית בתקופה שבין המרידות ובזכותם אנו למדים על מעמדו של הכפר, הנוכחות הצבאית הרומית ועל נופו היישובי והחקלאי עד הסיום הטרגי בעקבות דיכוי מרד בר כוכבא.
